主要区别大致有一是级别高低不同。

分院是总院的下属单位，是总院的一个分支机构。总院是分院直接上级部门。二是职责不同。总院的职责是对分院的人事、劳资、财务等有管辖权。分院必须在总院领导下开展各项工作。三是人事管理不同。总院可以任免分院领导班子成员。分院只能推荐班子成员并报请总院批准。