PEP小学三年级自然拼读的基本规则如下：

1. 依据字母的发音进行拼读，即字母的读音和发音一致。

2. 先读单词的第一个字母，再读第二个字母，依此类推，最后将所有字母的发音连起来读成一个完整的单词。

3. 注意字母的发音变化，如元音字母在单词结尾时可能发生变化。

4. 注意字母的组合发音，如"ch"发/k/音，"sh"发/ʃ/音等。

5. 注意特殊字母的发音，如"c"发/s/音，"g"发/g/音等。

6. 注意双写字母的发音，如"ee"发/i:/音，"oo"发/u:/音等。

7. 注意辅音字母的重读和轻读，重读时发音清晰，轻读时发音模糊。8. 注意单词的音节划分，将单词按照音节进行拆分，每个音节都要读清楚。以上是PEP小学三年级自然拼读的基本规则，通过遵守这些规则，可以帮助孩子正确拼读单词。