高中6个班面向福州招270人另开2个特色班清华附中福州学校高中部自今年起招收符合条件的初中毕业生；2021年招生计划中有6个班纳入福州市统一招生，共270人（其中自主招生2个班90人）。

另开设2个特色班：“马约翰体育班”和“美术特色班”（以下简称“马班”和“美班”）。“马班”招生人数30人，“美班”招生人数15~20人。招生范围：“马班”立足于福建省并面向全国招生；“美班”立足于福州市并面向全省招生。“马班”和“美班”文化课教材和普通班相同，课余时间安排专业训练。“马班”和“美班”实行自主招生，具体招生方案以市教育局《2021年福州高级中等学校招生考试工作实施细则》公布的为准。从今年起，清华附中福州学校高中部拟面向莆田、宁德、南平、平潭等地招生，推进人才协同培养，共享资源。