南京师范大学和南京工程学院都是江苏省内比较有实力的高校，其中南京工程学院的电气工程相关专业办得比较好。

但是选择哪所学校还是要根据你的个人情况和需求而定。具体来说，在选择考研院校时，可以考虑以下因素：

1. 学校师资力量和教学质量。可以了解学校的师资力量情况、教学条件和教学质量，是否具有教学和科研实力，是否能够提供优质的教学资源和职业发展平台等。

2.专业方向和课程设置。可以查看学校的教学计划、课程设置以及专业方向是否与自己的兴趣和职业规划相符。

3.学校研究方向和科研实力。通过了解学校的科研成果和研究方向，判断学校是否对自己未来的职业规划有帮助。

4.就业前景和录取情况。可以了解毕业生就业情况、录取难度等方面的情况，以便更好地为职业发展做准备。综上，南京师范大学和南京工程学院在电气工程专业方面都有一定的实力，你可以根据你个人的情况结合上面的因素进行选择。希望我的回答能够对你有所帮助，如有其他问题欢迎继续提问。