学校办学历史可追溯到1898年创办的兴化圣教医院附设护士训练班。

2002年3月，学校由原莆田高等专科学校、原福建医科大学莆田分校、原莆田华侨体育师范学校合并组建而成。

2013年10月，仙游师范学校并入莆田学院。

2018年1月，学校新增为福建省2018-2020年硕士学位授予培育单位立项建设名单。 截至2020年6月，莆田学院新校区占地2970亩，老校区校园占地面积1666.8亩；教学科研仪器设备总值达3.15亿元，馆藏图书（含电子图书）410多万册；学校下设17个二级学院；52个本科专业；有教职工1309人，全日制在校生近1.6万人