清华学堂不是南京大学的源头，南京大学前身是创建于1902年的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。

1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出工学、农学、师范等部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。南京大学拥有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区，有31个直属院系，本科生13196人、硕士研究生16072人、博士研究生7693人、外国留学生1415人。现有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，“双一流”建设学科15个；江苏高校优势学科建设工程三期项目立项学科19个，江苏省一级学科重点学科18个，本科专业88个，博士学位授权一级学科点40个，博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）1个，专业博士学位授权点3个，硕士学位授权一级学科点4个，专业硕士学位授权点28个。