山东大学是985高校、211高校，南京农业大学只是211高校，两个高校的平台不一样，整体实力来说，山东大学要比南京农业大学好，山大应该是山东的头牌了，江苏好的高校太多，南农整体就没这么突出了。

但是如果要看专业的话，还是要具体问题具体分析，南农有些专业在全国还是领先的，要比山东大学好，南京农业大学的国家重点学科也有十来个呢，在江苏仅次于南京大学和东南大学，如果是比这些重点学科，山大的这些专业多半比不上南农。