北京交通大学未入选卓越工程师计划的原因可能有多方面，下面是一些可能的原因：

1. 学科差异：卓越工程师计划侧重于培养具有创新能力和实践能力的工程人才，而北京交通大学可能已经在其他领域或学科方面具有较高的水平和影响力。

2.竞争压力：中国的高等教育市场竞争激烈，卓越工程师计划的入选名额有限，可能有多所高校都在竞争这个名额，北京交通大学可能在竞争中未能胜出。

3.学校自身原因：可能北京交通大学自身在申请卓越工程师计划方面的工作不够充分或者有一些其他因素影响了申请结果。