南京理工大学和南京航空航天大学都是中国的著名高等院校，两所大学在学科领域、科研实力和声誉等方面都有各自的优势。

具体来说，南京理工大学在工程、材料科学、化学、物理等多个学科领域拥有较高的声誉，而南京航空航天大学则在航空航天、机械工程、材料科学等领域具有较强的实力。因此，无法简单地判断哪所大学更好，而是要根据个人的兴趣、专业背景和职业规划来选择。如果你对工程、物理、化学等学科领域感兴趣，那么南京理工大学可能更适合你；如果你对航空航天、机械工程等学科领域感兴趣，那么南京航空航天大学可能更适合你。此外，两所大学的科研实力和师资力量都非常强大，学生在校期间可以获得优秀的学术环境和资源。在选择大学时，还应该考虑到自己的个人发展需求和未来职业规划，选择能够为自己提供更好发展机会的大学。