南京审计大学莫愁湖校区位于北圩路，靠近江东门，是原南京审计学院与南京金融高等专科学校合并而来，现为学校总部所在地，同时招收研究生。

莫愁湖校区拥有若干幢教学楼，学生宿舍楼以及教职工宿舍等，还有图书馆，篮球场，健身中心以及食堂等配套设施。