国家生态环境部有以下部门：一、办公厅。

二、中央生态环境保护督察办公室。

三、综合司。

四、法规与标准司。

五、行政体制与人事司。

六、科技与财务司。

七、自然生态保护司（生物多样性保护办公室、国家生物安全管理办公室）。八、水生态环境司。九、海洋生态环境司。十、大气环境司（京津冀及周边地区大气环境管理局）。十一、应对气候变化司。十二、土壤生态环境司。十三、固体废物与化学品司。十四、核设施安全监管司。十五、核电安全监管司。十六、辐射源安全监管司。十七、环境影响评价与排放管理司。十八、生态环境监测司。十九、生态环境执法局。二十、国际合作司。二十一、宣传教育司。另外，还设有机关党委和离退休干部办公室。