学院校园面积约525亩，现有两个校区，其中黄埔校区毗邻闻名世界的黄埔军校，琶洲校区坐落于“古代海上丝绸之路”的溯源地广州黄埔古港。

2021年广州市规划和自然资源局明确，广州交通大学在广州航海学院黄埔校区周边征地413亩，总用地面积为978亩。学院建有校内实验室123个，含校内实习工厂和设备完善的水上训练中心各1个，校外实践基地88个，拥有“广航1号”教学游艇1艘，与中远海运散货运输有限公司合作共建实习船4艘。