两所高校各有优势，要具体问题具体分析，选择根据专业来确定。

复旦大学社会科学类学科、国际关系、经济学专业比较有优势。南京大学的物理学或地理学专业比较有优势。

正常情况下，应该选复旦大学，是如果复旦大学的学科没有南大的学科好，那你就只好选南大了，复旦大学应该比南大名气大一些，但是选择学科也很重要。

南大和复旦都是985中的一类学校，选学校先选专业，根据自己的兴趣爱好和考分综合评估而定。如果两所学校都有你喜欢的专业，了解学校的学习氛围是否是自己喜欢的哪种？以及喜欢的城市要综合考虑。