第一，地理位置与城市发展规划，导致无法留住优秀人才。

南开地处天津，是天津人心目中最好的大学（笑）。但是，天津是直辖市里存在感略低、经济发展速度略低的城市。优秀人才很难留在天津，稍微优秀的，都会选择北京。天津人才流失严重，这不是一所大学能够改变的现状。第二，南开大学的优势学科进步稍慢。与其他985相比，南开的确拥有国家重点教研室、实验室；但是优势学科不够强势，是不争的事实。这也就直接导致了学校的发展受限。形成恶性循环。第三，生源质量问题。还是老话，外地人考试，北京天津两座城市，都选北京。也就造成了一大部分分数相当的学生，在选择大学时，会偏向北京的大学。生源质量下降，也会影响学校发展