南京林业大学拥有园林、林产化工、木材科学与工程、机械设计制造及其自动化、农林经济管理、森林工程，生态学，风景园林学，轻工技术与工程等王牌专业。

其中1、国家级特色专业：园林、林产化工、木材科学与工程、机械设计制造及其自动化、农林经济管理、森林工程。

2、省级品牌特色专业：轻化工程、木材科学与工程、林学、艺术设计、机械设计制造及其自动化、土木工程（品牌）、林产化工（品牌）、园林、工商管理、农林经济管理、森林工程、林产化工（特色）、工程管理、交通工程、工业设计、土木工程（特色）。