它们各自有着不同的优势和特点。

以下是它们之间的一些区别：

1. 学科设置：武汉大学和南开大学在学科设置上有所不同。武汉大学在工科、理科、文科等方面都比较强，尤其是在材料科学、生命科学、地球科学、信息技术等领域具有很高的声誉。南开大学则在理学、经济学、管理学、法学、历史学等方面具有较强的学科实力，其中经济学、化学、历史学等领域较为突出。

2. 地理位置：武汉大学位于湖北省武汉市，南开大学位于天津市。两个城市的气候、文化、经济环境等都有所不同，这也对学校的发展和学生生活产生了一定的影响。

3. 学校文化：武汉大学和南开大学都有着悠久的历史和独特的校园文化。武汉大学注重实践和创新，鼓励学生积极参与科研和实践活动；南开大学则注重培养学生的综合素质和人文精神，校园文化较为严谨、庄重。

4. 师资力量：两所大学都有着优秀的师资力量，但具体的学科领域和研究方向可能存在差异。在选择学校时，可以关注自己感兴趣的学科领域的教师和研究团队。总之，选择学校时需要考虑自己的兴趣、专业背景、未来的职业规划等多方面因素，综合比较两所大学的优劣，做出最适合自己的选择。