广州航海学院有两个校区，分别是黄埔校区和琶洲校区，地址分别是黄浦区红山街道航专社区红山路三路101号和新港东路夏阳大街1号。在选址上，两个校区还是有一定距离的，不过除了校运会以外，琶洲校区的同学是很少会去琶洲校区的，因此也不必担心路程问题。