高考推荐生只能选择清华大学或北京大学的原因是因为清华大学和北京大学是中国最顶尖的高等教育学校，被广泛认为是国内最好的大学之一。

由于这两所学校的声誉和竞争激烈的录取情况，教育部规定高考推荐生只能选择其中一所学校，以确保更多的优秀学生有机会进入这两所学校接受高水平的教育。此外，清华大学和北京大学在综合实力、学科优势、师资力量等方面都有自己的特点。因此，高考推荐生在选择时可以根据自己的兴趣、专业倾向和发展目标来决定报考哪所学校。这样的规定也有助于确保两所学校的招生质量和录取公平性。