南通大学交通学院成立于2009年，学院以服务交通为特色，是南通大学服务交通领域的重要单位。

目前学院已在智能交通方向开展了高速公路不停车收费系统（ETC）、电子标签（RFID）及嵌入式系统方面的相关研究，并获得国家级、省部级的项目资助。学院初步形成了智能交通电子设计、分析和测试的整个流程所需的基本软硬件设备条件。南通大学交通学院是一个新成立的学院，主要师资和管理力量都依靠电气工程学院来支持，但由于南通大学是隶属于交通部的部属高校，所以交通学院会得到更多的资源和来自学校的支持。