宫崎骏1941年出生于的东京都文京区，毕业于杉并区立永福小学校、杉并区立大幼年宫崎骏与其母宫中学校、东京都立丰多摩高等学校及学习院大学政治经济学院。

在四个兄弟中排名第二，父亲是宫崎家族经营的“宫崎航空兴学”的职员。在第二次世界大战中因战时疏散，举家迁往宇都宫市和鹿沼市。他所在的家族经营一个飞机工厂，属于军工企业，所以战争后期物质匮乏中也能保持颇为温饱的生活，宫崎骏度过了相当自由的幼年生活。然而在这种环境下长大的宫崎骏却意外地对家族的特权产生了怀疑。宫崎骏的父亲告诉他，其实宫崎家族生产的飞机尾翼根本不符合标准，全是些没有经过正规培训的临时女工制作加工的，只需贿赂下军方管理人员，产品就可以蒙混过关。这些在大人们看来无可厚非的把戏，却在宫崎骏的内心留下了抹不去的痕迹，引发了他对人性的思考，影响了他之后从事动画导演的创作风格。宫崎骏自幼由于身体不好，故不擅长运动，也因此对静态的绘画很有天分，特别对于飞机感到兴趣，并成为终身的爱好。