九江学院环境工程本科专业2006年开始招生，专业依托鄱阳湖生态经济研究中心，“流域管理和生态保护”博士后科研工作站，江西省生态化工工程中心，九江市流域管理与生态保护重点实验室，区域产业与城市生态九江市重点实验室以及九江学院环境保护研究所，形成了“环境污染物处理及监测技术”和“废弃物资源化利用”两个研究团队，在化工生产废水治理、重金属污泥处理及其资源化、市政污泥厌氧消化、农业废弃物资源化、环境污染物迁移转化，数字生态城建设（共青）等方向形成了一定的优势和特色。本专业2009年被列为九江学院校级重点建设学科；

2011年被列为九江学院“十二五”重点学科；