北京大学经济学院研究教学的是经济学科，而光华管理学院研究教学的是工商管理学科，北大经院的理论经济学、应用经济学是国家重点学科，经济学、金融学等专业为国家特色专业，光华学院的工商管理学科入选国家重点学科，会计学、财务管理、市场营销等专业获评国家特色专业建设点，北大经院和光华学院学科学术研究和教学质量均为顶尖水平。

级别不同。

北大光华管理学院是北京大学的一个二级学院，曾经从属于北大经济学院，后从北大经济学院独立，现隶属于北京大学经济与管理学部。而前者小于后者，前者主要负责教学，后者侧重宏观管理。