清华大学有四大王牌专业：建筑，经管，协和的临床医学，电子。

除此之外，土水学院最好的是土木工程，机械学院比较好的是精仪和工业工程，信息学院的自动化系也不错。数理基科班，计算机系的姚班，钱学森力学班，八年本硕博连读的医学药学实验班都是不错的。清华大学拥有22个一级学科国家重点学科，居全国首位；此外，学校还拥有15个二级学科国家重点学科、2个国家重点培育学科，加上一级重点学科所涵盖的二级学科，共计115个国家级重点学科。一、一级学科国家重点学科：数学、物理学、生物学、力学、机械工程、光学工程、动力工程及工程热物理、电气工程、电子科学与技术、药学、建筑学、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、水利工程、化学工程与技术、核科学与技术、生物医学工程、管理科学与工程、工商管理、材料科学与工程。

二、二级国家重点学科：麻醉学、肿瘤学、妇产科学、内科学、外科学（骨外胸心外）、皮肤病与性病学、免疫学、分析化学、环境工程、专门史、影像医学与核医学、病理学与病理生理学、精密仪器及机械、设计艺术学、数量经济学。

三、交叉学科北京市重点学科科学技术与社会、信息艺术设计、生物信息学。

四、一级学科北京市重点学科艺术学、历史学、科学技术与社会。

五、二级学科北京市重点学科伦理学、金融学、民商法学、社会学、英语语言文学、马克思主义基本原理、思想政治教育、英语语言文学、有机化学、生物信息学、信息艺术设计。