扬州大学相对来说更好一些。

从排名来说，扬州大学一直位列全国百强，而南通大学则位于200位左右。从学科评估来说，扬州大学有A-、B+和B多个学科，而南通大学最好的则是基础医学B-。从每年的录取分数线来看，扬州大学要高出南通大学十多分。