安徽建筑大学南校区专业包括建筑学、城乡规划、风景园林、环境设计、土木工程、无机非金属材料工程、高分子材料与工程、电气工程及其自动化、自动化、机械设计制造及其自动化、给排水科学与工程、建筑环境与能源应用工程、测绘工程、交通工程、工程管理、工程造价、城市管理、生物工程、金融学等。

其中，建筑学、城乡规划、风景园林、土木工程、环境设计是该校的特色专业，同时，学校也注重学生的综合素质和创新能力培养，开设了许多与这些专业相关的课程和实践项目。