水利工程相关专业第一档次的高校两所，分别为清华大学，河海大学，这两所高校是水利工程相关专业最好的大学。

清华大学，作为我国最顶尖的两所高校，其综合实力在全国各高校中都是数一数二的，我们暂不多说。河海大学，是我国原211工程大学，同时也是我国“双一流大学”世界一流学科建设高校，其前身是中国第一所培养水利人才的高等院校，其水利工程、环境科学与工程两个学科入选世界一流建设学科，在教育部第四轮的学科评估中，河海大学的水利工程相关专业获得A+，与清华大学处于同一级别，可见其专业实力之强。