1924年，国立广东大学成立，设立文科、理科、法科、农科、工科与预科。

其中工科中计划先办土木、机械、电气3系。1925年2月孙中山先生逝世，为纪念其丰功伟绩，同年7月将国立广东大学改为国立中山大学。1931年中大原设的文、法、理、农、医五科，同年9月各学科改称学院，理学科改为理工学院，增设土木工程与化学工程二系。1934年秋，中大理工学院分出土木工程与化学工程二系，同时增设机械工程、电气工程二系，组建工学院。方棣棠为土木工程系主任。1935年，工学院土木工程系首届毕业生组织的全国工程考察团在丘秉敏、崔龙光教授的带领下，到全国10多个城市参加考察。1938年，广东省立勷勤大学工学院并入中山大学工学院，增设建筑工程学系。1941年，土木工程系应届毕业生到罗家渡参观、考察铁桥。1946年，土木工程系副教授黎献勇赴美进修水利并考察工业教育。1949年，工学院建工系教授陈百齐赴日本考察建筑教育。1952年，工学院的土木工程系、建筑工程系等调整并入华南工学院。

2000年，建立土木工程硕士学位授权二级学科点岩土工程。

2016年，建立土木工程学院，全面复办土木工程学科。