南京航空航天大学包函了所有的理工科院校的专业学科，从机械制造到计算机专业和电子信息专业，但重点是飞航空航天领域，现在的南航属于理工文综合性大学。

截至2017年11月，学院有6个系、研究所（中心）：仿生结构与材料防护研究所、航天工程系、航天控制系、航天信息与应用系、空间科学与应用系、 微小卫星研究中心，设有4个本科专业。