苏州大学目前的学院设置如下表：

28个本部学院；

2个独立学院

苏州大学原有苏大文正学院和苏大应用技术学院2所独立学院，苏大文正学院经省教育厅批准转设为公办本科院校，更名为苏州城市学院，苏大应用技术学院设在昆山市，目前仍为苏大下属的独立学院，这两所院校依托苏州优良的办学质量，重点培养适应地方经济发展的应用型技术人才。