东南大学的王牌专业有：建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、艺术学理论等五个学科评估结果为A+。

“双一流”建设学科（11个）材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论。一级学科国家重点学科：1、电子科学与技术（物理电子学，电路与系统，微电子学与固体电子学，电磁场与微波技术）。

2、信息与通信工程（通信与信息系统，信号与信息处理）。

3、建筑学（建筑历史与理论，建筑设计及其理论，城市规划与设计，建筑技术科学）。

4、交通运输工程（道路与铁道工程，交通信息工程及控制，交通运输规划与管理