上海海事大学有航海技术、轮机工程、航运管理、物流管理、热能与动力工程、交通运输、交通工程、管理科学、工商管理、国际经济与贸易、会计学、电气工程及其自动化、机械电子工程、物流工程、自动化、电气工程与智能控制等王牌专业。

王牌专业国家级特色专业：物流管理、航海技术、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理。学科建设：国家重点（培育）学科：交通运输规划与管理（隶属交通运输学院）。交通部重点学科：产业经济学、交通运输规划与管理。上海市重点学科：载运工具运用工程、交通运输规划与管理、物流管理与工程、港口机械电子工程、国际法学（海商法）。