规模化畜禽养殖如果存在违法、违规行为，应依法进行处罚。

具体的处罚措施包括：

1. 行政处罚：对违法违规的养殖场所进行罚款、责令停产整顿、吊销养殖许可证等行政处罚。

2.刑事处罚：对违法违规行为较为严重的养殖场所，涉及刑事犯罪的，根据刑法进行刑事处罚。比如，生产、销售有毒有害食品或未经治理直接排放污染物等情况会涉及刑事责任。

3.经济处罚：对于污染环境行为，相关部门可以根据污染损失金额进行罚款，迫使养殖场所支付一定的环境承载成本。

4.环境整治：对于环境污染严重的养殖场所，有关部门可以责令整改，采取必要的措施进行环境清理和治理，并要求养殖场所进行改进。

5.吊销证照：对严重违法违规行为的养殖场所，相关部门可以吊销其养殖许可证、环境评估证书等证照，停止其养殖业经营。需要注意的是，处罚应当依法进行，并且要根据具体的违法违规行为情况，采取相应的处罚措施，以达到惩治违法行为、维护环境生态和保障公众健康的目的。