牧原罚款主要涉及环保和税务方面。

具体来说，环保方面的罚款主要包括未取得《动物防疫条件合格证》而兴办动物饲养场、生猪养殖项目需配套建设的环保设施未全部建成主体工程已投入使用、猪舍到沼气池管道破裂粪污渗漏流入雨水管网等违规行为。税务方面的罚款则是未按照规定期限办理纳税申报和报送纳税资料。这些罚款旨在促使企业遵守相关法律法规，保护环境，规范纳税行为。