1、地域区别:昆山高新区位于昆山,而玉山镇是昆山市的政治、经济、文化和商贸中心。

2、性质区别:昆山高新区是全国首家设在县级市的国家高新技术产业开发区,而玉山镇是昆山市直接管辖的镇。

3、管理体制区别:昆山高新区实行“区镇合一、以区为主”的管理体制,而玉山镇不属于高新区,有独立的管理体制。

4、功能区区别:昆山高新区和玉山镇都属于功能区,高新区以高新技术产业为主,而玉山镇则负责其他类型的产业发展。