分子和原子的主要区别在于它们的尺寸和在化学反应中的可分性。

首先，从尺寸的角度看，一般来说，分子比原子大。分子是由两个或更多的原子通过共价键或离子键相互吸引形成的。尽管如此，也有一些例外，比如稀有气体元素，如氦、氖、氩、氪、氙、氡，虽然它们是由一个原子组成的，但它们仍被视为分子。其次，在化学反应中，分子和原子的行为也有所不同。分子在化学反应中可以被分解，其中的原子可以重新组合形成新的分子。然而，原子在化学反应中是不可再分的，它们不会分解成其他原子。换言之，化学反应前后，原子的种类和数量并没有改变。总的来说，分子和原子都是构成物质的基本粒子，但他们的尺寸和在化学反应中的可分性是他们的主要区别。