分子和原子是两种不同的粒子，它们之间有一些区别和本质上的不同。

首先，分子是由两个或更多原子通过共享电子形成的，因此分子比原子大得多。分子具有自己的化学性质，而原子只有在与其他原子形成分子时才能表现出化学性质。其次，原子是化学反应中的最小粒子，不能再被分割。原子由质子、中子和电子组成，具有自己的质量和电荷，因此它是一种粒子。此外，分子和原子的本质也不同。分子是物质能独立存在并保持其化学性质的最小粒子，而原子是化学变化中的最小粒子，不能通过化学反应再分解。综上所述，分子和原子在大小、结构和性质方面存在明显差异，分子可以通过化学反应分解成原子，而原子是化学变化中的最小粒子，不能通过化学反应再分解成更小的粒子。