南京最好的5所三本院校分别是：南京理工大学泰州科技学院，学校为中国顶尖独立学院。

南京大学金陵学院，学校为中国顶尖独立学院。中国传媒大学南广学院，学校为中国顶尖独立学院。东南大学成贤学院，学校为中国一流独立学院。南京航空航天大学金城学院，学校为中国高水平独立学院。