不能RNA聚合酶不能使氢键断裂，RNA聚合酶能催化转录混成，但不能使DNA中氢键断裂，只有DNA解旋酶能使氢键断裂。

RNA聚合酶的结构就有一个长约55Å（即5.5奈米）的沟道及直径为25Å（2.5奈米）。这个沟道正好适合20Å（2奈米）的DNA双股。这个沟道正好适合20Å（2奈米）的DNA双股。

55Å的长度可以接受16核苷酸。当不使用时，RNA聚合酶会与弱结合部位结合，等待活性启动子的位点开启并快速转换。当不使用时，RNA聚合酶会与弱结合部位结合，等待活性启动子的位点开启并快速转换。RNA聚合全酶所以在不使用时不是在细胞内自由浮动的。