2003-04赛季，马龙以自由球员的身份底薪加盟了洛杉矶湖人队，与加里·佩顿、沙奎尔·奥尼尔、科比·布莱恩特一起希望能拿到总冠军。

但是球队内部关系并不和谐，加上40岁的马龙职业生涯首次遭遇长期的伤病，膝伤和后来的并发症使他缺席40场，直到赛季后期复出时也没有痊愈。在2004年的总决赛，湖人遇到了底特律活塞队，马龙在第5场比赛因伤缺阵，球队以1：4输掉了总冠军。 2003年5月2日，约翰·斯托克顿正式宣布退役，同年6月7日举行退役仪式。