分子结构，或称分子平面结构、分子形状、分子几何，建立在光谱学数据之上，用以描述分子中原子的三维排列方式。

分子结构在很大程度上影响了化学物质的反应性、极性、相态、颜色、磁性和生物活性。 分子结构涉及原子在空间中的位置，与键结的化学键种类有关，包括键长、键角以及相邻三个键之间的二面角。常见的分子构成的：只要化学式中不含金属元素,不含NH4+的都可认为是由分子构成的.（稀有气体除外）比如,所有气体,所有的有机物,所有的酸,H2O,I2,Br2等等.