养殖发酵床的消毒主要是为了杀灭病原微生物和害虫，防止疾病传播。

首先，在更换新垫料前，应将旧垫料彻底清除并远离养殖场处理。接着，使用高压水枪对床面进行冲洗，去除残留的粪便、饲料等有机物。然后，可以使用石灰粉或过硫酸氢钾复合盐等消毒剂均匀撒布在床面上进行消毒，注意要覆盖整个床面。最后，保持床面干燥，通风良好，以便消毒剂充分发挥作用。消毒后，等待一段时间让床面自然风干，再进行新垫料的铺设。