工商管理学院、理学院、文学院、外国语学院、政法学院、海外教育学院、成人教育学院、信息工程学院在集大总部。

体育学院和诚毅学院就在总部旁边。集美大学是由多所学校合并的，所以学院分布较散。总部就是校级领导办公的地方，行政大楼所在地，其他有教师教育学院（艺术学院）、生物工程学院（水产学院）、财经学院、轮机工程学院、航海学院。离本部也不远。