（本实验以转移到PVDF膜，辣根过氧化物酶HRP-ECL发光法为例）在SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）中，不连续系统的凝胶包括浓缩胶（spacergel）和分离胶(separation gel)，蛋白质在浓缩胶中运动到两层凝胶的交界处时，由于凝胶孔径的不连续性使样品迁移受阻而压缩成很窄的区带，即不连续系统的浓缩效应。

在凝胶中，分子量小的蛋白质泳动速度快，分子量大的蛋白质泳动速度慢，即聚丙烯酰胺凝胶的分子筛效应。阴离子去污剂SDS使蛋白质变性，消除不同蛋白分子间的电荷差异和结构差异，使得蛋白质在电场中的泳动速度仅与蛋白质颗粒大小有关。各种蛋白质在不连续SDS-PAGE的浓缩效应和分子筛效应的作用下，按照分子量大小以一定顺序排列形成一个个区带。