当店铺因特殊原因导致无法按时营业，给顾客带来不便时，通常可以采取以下方式进行赔偿：

1. 道歉声明：在店铺的官方渠道（如社交媒体、公告牌等）发布道歉声明，向受影响的顾客表示歉意。

2. 优惠券或折扣：为受影响的顾客提供一定金额的优惠券或折扣，以便他们在未来的消费中使用。

3. 补偿方案：根据具体情况制定补偿方案，例如退还受影响顾客的购买金额，或者提供免费的产品或服务作为补偿。

4. 改进措施：针对导致延误的原因进行整改，避免类似情况再次发生，并向顾客承诺将提高服务质量。赔偿方式需根据实际情况和顾客需求灵活调整，以最大程度地弥补顾客的损失并维护店铺形象。