石河子大学博士点专业有农业工程、土木水利、土木工程等。

石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、西部重点建设高校。 农业水利工程、水利水电工程2个专业入选国家重点专业建设点。农业水利工程专业通过两轮国家工程教育专业认证。