养殖公司的运费应计入成本费用类科目。

具体做账步骤如下：

1. 确认运费金额：首先需要明确运输服务提供方开具的发票上注明的运费金额。

2. 选择合适科目：根据运费性质，可以选择“营业成本”或“管理费用”等科目。如果是直接用于购买原材料或产品的运输费，则计入“营业成本”；如果是日常经营中产生的其他运输费用，如员工出差交通费等，则计入“管理费用”。

3. 记账凭证编制：在会计系统中录入相应的记账凭证，借方记成本费用科目，贷方记“银行存款”或“应付账款”（如果运费尚未支付）。示例：借：营业成本/管理费用—运输费贷：银行存款/应付账款

4. 报表反映：在利润表的成本费用部分和资产负债表的流动负债部分分别反映该笔运费。请注意，具体的会计处理还需遵循当地会计准则和相关法规要求。