南宁在线申请房屋备案的流程分为以下几个步骤：

1. 登录南宁市住房和城乡建设局网站，填写房屋备案申请表并上传相关证明材料；2.支付备案费用并等待审批；3.通过网上查询备案进度，如审核通过，领取备案证书。

整个流程需要注意准确填写信息和及时缴纳费用。