福建师范大学有两个主要校区，分别是旗山校区和仓山校区。

旗山校区位于福建省福州市闽侯县上街镇学府南路8号，是福建师范大学的主校区，拥有大部分学院和设施。这个校区占地面积大，环境优美，交通便利，距离市中心有一定距离，但有多条公交线路可以直达。仓山校区位于福建省福州市仓山区上三路8号，这个校区相对较小，主要是部分学院的所在地。仓山校区靠近市区，生活便利，周边有许多商业设施和景点。两个校区之间有校车往返，方便师生往来。