限制酶（Restriction Enzyme）是一种在微生物中自然存在的酶，主要用于保护宿主细胞免受外来DNA的侵害。

这种酶能够识别并切割双链DNA分子上的特定核苷酸序列，产生具有特定末端特征的DNA片段。这些末端特征通常为黏性末端或平滑末端。在分子生物学实验中，如基因克隆、基因工程等领域，限制酶被广泛用于切割和连接DNA片段。通过使用同一种限制酶切割目的基因和载体，可以获得相同的末端，从而实现DNA分子的定向连接。