校徽采用圆环造型，圆环上方是中文“福州金山中学”校名，圆环下方是英文“WPS”三个字母，其中S代表“school”，P代表“principal”，S代表“staff”，整体寓意着学校的全体师生以“自强不息，止于至善”为精神追求，不断追求卓越。

圆环中间以红色和白色相间的三角形组合，形成立体的中国地图形状，寓意着学校以中国传统文化为基础，融合多元文化，培养具有国际视野的人才。整个校徽以绿色为主色调，象征着学校充满生机和活力。